清水巖祖師，據澎湖志略（於乾隆三十二年）云「康熙年間有一和尚從泉州清水巖到此與人治病，有神效不取藥資，甚有道行，去後因立廟祀焉，所以云報也」云云。西文祖師廟與高雄祖師廟、東文三官廟、東甲北極殿有交陪關係，在有特殊祭典活動及祖師爺壽誕時會互相支援、互相祝賀。
