澎湖文澳城隍廟的創建年代不詳，但是依據澎湖縣誌記載的相關紀事可以推測本廟大約創建在康熙三十年前後，最晚至少在雍正初年，可見歷史之悠久。後來，在光緒十五年（西元1889年），當時的文澳廳署遷移至媽宮城內，所以才有現今重慶里城隍廟的創建。
